Maždaug nuo 1975 m. kunigas J. Zubrus SJ įsijungė į tikinčiųjų ir Bažnyčios teisių gynimo sąjūdį, nelegalios pogrindžio literatūros leidimą bei platinimą. Netruko jo veikla susidomėti ir KGB organai: jam buvo pradėta operatyvinio tyrimo byla ,,Monach’’ („Vienuolis”). Buvo nustatyta, kad kun. J. Zubrus platina LKB Kroniką ir kitus pogrindžio leidinius, įvairiose Lietuvos vietose sako ,,ideologiškai kenksmingus pamokslus’’.
Tačiau KGB taip ir nepavyko išsiaiškinti, kad kun. J. Zubrus nuo 1977 m. yra pogrindinio periodinio leidinio „Tiesos kelias“ leidėjas ir redaktorius. Šis leidinys buvo skirtas dvasininkams, jame buvo publikuojami vertimai iš užsienyje leidžiamų religinių leidinių, religinio gyvenimo įvykiai pasaulyje, įvairios žinios, svarbios dirbantiems pastoracinį darbą. Taip pat kun. J. Zubrus straipsniais prisidėjo rengiant LKB Kronikos 6–12 numerius.
1978 m. už surengtą per Vėlines Palomenėje (Kaišiadorių raj.) tikinčiųjų procesiją iš bažnyčios į kapines jis buvo nubaustas 50 rublių bauda.
Nors remdamasis SSRS Konstitucija ir tarptautiniais susitarimais kun. J. Zubrus apskundė šį vietinės valdžios sprendimą Kaišiadorių liaudies teismui, nuobauda nebuvo panaikinta. Tų pačių metų lapkričio 18 d. jis parašė viešą protestą Religinių reikalų tarybos (toliau – RRT) įgaliotiniui dėl mokytojų diskriminacinio elgesio su tikinčiais mokiniais. Taip pat pasirašinėjo tokius kolektyvinius kunigų protestus kaip LSSR AT Prezidiumui (1979-02-11), RRT įgaliotiniui.
Sovietinės valdžios nuolat engiamas kun. J. Zubrus 1979 m. keleriems metams išvyko dirbti pastoracinį darbą į Ukrainą, Podolės Kamenecą, aptarnavo keturias katalikų bendruomenes, kur tikintieji buvo persekiojami labiau nei Lietuvoje, dėl masinio bažnyčių uždarymo melsdavosi kapinių koplytėlėse. Jam išvykus, kelis „Tiesos Kelio“ numerius išleido kun. Jonas Petkevičius. 1982 m. grįžęs iš Ukrainos toliau redagavo ir leido „Tiesos kelią“, dalyvavo tikinčiųjų teisių gynimo akcijose, pasirašinėjo visus svarbesnius pareiškimus sovietų valdžiai.
Dėl to ne kartą Religinių reikalų tarybos įgaliotinio Petro Anilionio buvo oficialiai įspėtas. KGB nenuleido nuo jo akių ir siekė išsiaiškinti, ar jis nedalyvauja „LKB Kroniką“. Dėl didelio persekiojimo ir vengdamas arešto, kun. J. Zubrus 1983–1987 m. vėl išvyko į misijas, tarnavo Pavlodaro (Kazachija) ir Slavgorodo (Altajaus kr., Rusija) tikintiesiems. Grįžęs į Lietuvą ir prasidėjus Atgimimui kun. J. Zubrus SJ jau buvo parengęs ir išleidęs apie 30 „Tiesos kelio“ numerių. Įpratęs dirbti misijose, 1989 –1992 m. apaštalavo tarp vokiečių katalikų Aktiubinske, Uralske Kazachijoje, taip pat Prochladne, Orenburge, Rusijoje. Visur misijose buvo gerbiamas dėl plačios erudicijos, kalbų mokėjimo ir uolaus darbo.
Grįžęs į Lietuvą 1992 m., dirbo pastoracinį darbą Kauno arkivyskupijoje – Kauno Šv. Pranciškaus Ksavero (Jėzuitų) bažnyčios kunigu ir Pažaislio vienuolyno kapelionu. Išleido 255 p. maldynėlį „Pasitikiu tavimi“, gražiai atspindintį jo vienuolišką, kunigišką, krikščionišką laikyseną 1996 m. jis iškeliavo į Sibirą ir metus laiko dirbo pastoracinį darbą Sargaskojėje (Omsko sr., Rusija) ir Novosibirske (Rusija). Po to dirbo Babtų (Kauno r.), Ukmergės, Kurklių (Anykščių r.) parapijose. 2005–2008 m. buvo Čiobiškio (Širvintų r.) parapijos klebonas, po to iki 2010 m. – Žilinų (Varėnos r.) administratorius.
Nuo 2010 m. iki gyvenimo pabaigos jis buvo Kauno Šv. Pranciškaus Ksavero (Jėzuitų) bažnyčios vicerektorius. Visus ilgus kunigystės dešimtmečius pasižymėjo asketišku gyvenimu, vienintelis jo turtas buvo knygos ir dviratis, todėl, dažnai jį perkeliant iš parapijos į parapiją, buvo lengva persikraustyti.
Monsinjoras A. Svarinskas teigė: „Kunigas Zubrus garsėjo aukos dvasia. Jis myli Dievą ir Bažnyčią, yra geras kunigas. Jo žodžiai nuoširdūs, eina iš pačios širdies.“ Kunigas J. Zubrus manė, kad „teisūs buvo tie prieškario kunigai, kurie siūlė atsisakyti parapijų žemių ir jas išdalyti vargingiausiems valstiečiams. Tuomet būtų sumažėjęs socialiai pažeidžiamų žmonių sluoksnis, mažiau jų būtų patikėję ir susižavėję bolševikų skleidžiamu melu.“
Mirė kun. Jonas Zubrus SJ 2020 m. rugpjūčio 3 d. Kaune. Palaidotas Kauno Petrašiūnų kapinėse kunigų ir vienuolių kapavietėje šalia kitų brolių jėzuitų.
Parengė Arvydas Gelžinis LGGRTC istorikas
